Méthodes utilisées pour la surveillance continue

Vous trouverez sur ces pages un descriptif des méthodes utilisées par le reseau Sentinelles:

  • Méthodes utilisées en routine actuellement

  • Comment fonctionne le réseau Sentinelles ?

    Le réseau Sentinelles fonctionne grâce aux médecins Sentinelles, volontaires et bénévoles, qui transmettent de façon continue des données concernant des indicateurs de santé.
    Ces données sont reçues sur les serveurs du réseau Sentinelles. Elle sont vérifiées et analysées chaque semaine.
    Les résultats des analyses sont publiés sur notre site internet, dans un bulletin épidémiologique et dans un bilan annuel.

    Le document ci-dessous détaille le fonctionnement du réseau Sentinelles :
    Fonctionnement du réseau Sentinelles

  • Estimation des incidences à partir des données des médecins généralistes Sentinelles

    Les médecins généralistes participant au réseau Sentinelles transmettent régulièrement le nombre de patients vus en consultation pour chacune des maladies surveillées (voir les maladies surveillées). Ces médecins peuvent déclarer les cas qu'ils observent au rythme qui leur convient : par exemple en transmettant leurs données de manière quotidienne ou hebdomadaire. Afin de ne pas collecter de données trop anciennes, ils doivent respecter que chaque cas ait une ancienneté maximum de 12 jours.

    L’objectif du calcul de l’incidence pour chaque événement de santé surveillé est d’estimer le nombre total de cas vus en consultation par l’ensemble des médecins généralistes français à partir des données transmises par les médecins du réseau Sentinelles (qui représentent un échantillon des médecins généralistes français).

    La réalisation de ces estimations repose sur plusieurs hypothèses :

    • les médecins du réseau Sentinelles constituent un échantillon aléatoire représentatif de l'ensemble des médecins français ; 
    • les médecins du réseau Sentinelles déclarent en général un nombre de cas représentatifs de leur activité hebdomadaire.

    Les calculs effectués permettent de regrouper les informations transmises par les médecins Sentinelles à des rythmes différents en une estimation du nombre de cas sur une période hebdomadaire fixe (du lundi au dimanche). Ainsi on estime un nombre moyen de cas vus par les médecins généralistes Sentinelles dans une zone géographique donnée durant une période de temps définie (la semaine par exemple). Ce nombre moyen de cas est ensuite extrapolé à l’ensemble des généralistes de la même zone. Les estimations d'incidence sont effectuées par petites zones (la région ou le département par exemple), puis regroupées pour couvrir l’ensemble du territoire.

    Le document ci-dessous détaille les hypothèses et la méthode de calcul utilisée.
    Estimation des incidences à partir des données des médecins généralistes du réseau Sentinelles

  • Estimation des incidences des cas d’IRA attribuables à un virus respiratoire donné

    L’objectif de ce calcul est d’estimer l’incidence hebdomadaire en France métropolitaine des cas d’IRA vus en consultation de médecine générale attribuables à un virus respiratoire donné ; c'est à dire dans le cadre de la surveillance Sentinelles, aux virus grippaux (tous types/sous-types confondus), au VRS et au Sars-CoV-2. Les objectifs secondaires sont l’estimation de ces incidences par groupes d’âge et par inter-régions.

    Les données collectées par le réseau Sentinelles utilisées pour ces estimations sont :

    • le nombre de cas d’infections respiratoires aiguës (IRA) déclarés par semaine par les MG Sentinelles ;
    • la description individuelle de ces cas (80-95% des cas rapportés sont décrits) ;
    • les taux de positivité par virus respiratoire (virus grippaux, VRS et SARS-CoV-2) des prélèvements réalisés sur un échantillon des cas d’IRA vus en consultation par les médecins Sentinelles.

    Le document ci-dessous détaille les hypothèses et la méthode de calcul utilisée.
    Estimation des incidences des cas d’IRA vus en consultation de médecine générale attribuables à un virus respiratoire donné

  • Estimation d’une incidence commune à partir de plusieurs sources de données

    Ce document présente une méthode de calcul pour analyser de façon commune les données de surveillance en médecine générale collectées par des réseaux différents.

    Cette méthode est utilisée actuellement en France hexagonale pour analyser de façon commune les données collectées d’une part par le réseau Sentinelles (Iplesp, Inserm – Sorbonne Université) et d’autre part par l’entrepôt « Electronic Medical Records » (EMR) de la société IQVIA :

    • les données du réseau Sentinelles sont collectées par les médecins généralistes Sentinelles selon des définitions de cas clinique spécifiques à chaque indicateur surveillé. Il leur est demandé de déclarer chaque semaine le nombre de cas vus en consultation pour chacun des indicateurs suivis.
    • les données de l’entrepôt EMR-IQVIA sont issues d’extractions automatiques des logiciels métiers de 1210 médecins généralistes. Ces médecins utilisent des codes diagnostics issus d’un thesaurus propre à l’entrepôt EMR-IQVIA pour décrire le motif de consultation. Ces codes de diagnostic sont ensuite retranscrits par la société IQVIA en codes CIM-10. Pour les indicateurs suivis par les médecins du réseau Sentinelles, il a été sélectionné un panier de code CIM-10 correspondant à chaque indicateur, afin d’identifier les cas vus en consultation chaque semaine par les médecins de l’entrepôt.

    Le document ci-dessous détaille les hypothèses et la méthode de calcul utilisée.
    Estimation d’une incidence commune des cas à partir de plusieurs sources de données

  • Détection multisource des épidémies de grippe (Santé publique France)

    Santé publique France a développé une applicaction Web appelée MASS (Module d’Analyse des données SurSaUD® et Sentinelles). Cette application permet de combiner les données de trois sources de données de surveillance :

    • les passages aux urgences pour syndrome grippal (Oscour®) ;
    • les estimations d'incidence des syndromes grippaux en médecine générale (réseau Sentinelles) ;
    • les consultations d'urgence en médecine générale pour syndrome grippal (SOS Médecins)

    Pour chacune des trois séries de données ci-dessus, trois méthodes statistiques pour la détection des épidémies sont appliquées, permettant de générer 9 résultats pour chaque semaine.
    L'alarme épidémique est générée une semaine donnée si l'ensemble des 9 résultats statistiques sont en faveur d'une épidémie. 
    Les données sont étudiées au niveau régional, permettant de déclarer les épidémies de façon indépendante pour chaque région.

    La publication ci-dessous détaille la méthodologie utilisée par Santé publique France pour la détection multisource des épidémies de grippe en France métropolitaine.
    Pelat C, Bonmarin I, Ruello M, Fouillet A, Caserio-Schönemann C, Levy-Bruhl D, Le Strat Y, the Regional Influenza study group. Improving regional influenza surveillance through a combination of automated outbreak detection methods: the 2015/16 season in France. Euro Surveill. 2017;22(32):pii=30593.

  • Estimation de l'efficacité des vaccins contre la grippe et la Covid-19

    Ce document décrit la méthode de référence utilisée par le réseau Sentinelles pour estimer l’efficacité des vaccins contre la grippe et la Covid-19 en France, méthode appelée « Test-Negative Design » (TND). Il présente également une seconde méthode (dite « de screening » ou « administrative »), utilisée antérieurement quand les données disponibles ne permettaient pas d’utiliser la méthode du Test-Negative Design.

    La méthode du TND utilise les données issues des prélèvements nasopharyngés ou salivaires effectués par les médecins Sentinelles chez les patients consultant pour une IRA durant la période de surveillance virologique (de la semaine 40 de l’année N à la semaine 15 de l’année N+1).

    Elle est comparable à une étude cas-témoin. Les « cas » sont les patients consultant un médecin Sentinelles pour une IRA, prélevés et dont les prélèvements ont été testés positif pour au moins un virus grippal (en cas de mesure de l’efficacité du vaccin contre la grippe) ou ceux testés positif pour le SARS-CoV-2 (en cas de mesure de l’efficacité du vaccin contre la Covid-19), et les « témoins » sont les patients dont le prélèvement a été testé négatif pour la grippe (ou la Covid-19 en fonction du vaccin évalué). Le principe de la méthode est d’estimer l’odds ratio de la vaccination en utilisant une régression logistique ajustée sur certains facteurs de confusion

    Le document ci-dessous détaille les hypothèses et la méthode de calcul utilisée.
    Estimation de l'efficacité des vaccins contre la grippe et la Covid-19

  • Méthodes utilisées pour des travaux passés

  • Méthode dite de Serfling pour détecter les épidémies de grippe ou de gastro-entérite

    Une des méthodes utilisée pour la détection des épidémies de grippe ou de gastro-entériteutilisée repose sur une regression périodique dite de "Serfling" (Serfling, 1963) qui permet de modéliser un "niveau de base" de l’incidence, correspondant au nombre de cas de syndromes grippaux ou de diarrhées aiguës attendus en l'absence d'épidémie une semaine donnée. Cette estimation repose sur les incidences observées dans le passé, en dehors des périodes épidémiques. Le seuil de détection épidémique correspond à la borne supérieure de l'intervalle de prédiction du niveau de base estimé. 

    Lorsque l’incidence hebdomadaire observée est au-dessus de ce seuil, alors la probabilité d’être en période épidémique est élevée. L’épidémie est déclarée au niveau national si le seuil hebdomadaire est dépassé durant deux semaines consécutives.

    Le document ci-dessous décrit en détail cette méthode :  
    Détection des épidémies de grippe et gastro-entérites par la méthode dite de Serfling

    Références
    Costagliola D, et al. A routine tool for detection and assessment of epidemics of influenza-like syndromes in France. Am J Public Health. 1991;81(1):97-9.
    Serfling RE. Methods for current statistical analysis of excess pneumonia-influenza deaths. Public health reports. 1963;78(6):494-506

  • Détermination des excès de cas de syndromes grippaux

    Le réseau Sentinelles surveille les cas de syndromes grippaux observés en médecine générale. Ces syndromes grippaux peuvent être dus au virus de la grippe ou à d'autres pathogènes respiratoires.
    Pour estimer le nombre d'excès cas de syndromes grippaux, le réseau Sentinelles utilise deux méthodes : la régression périodique et la méthode de Stroup.

    Le document ci-dessous décrit la méthode utilisée par le réseau Sentinelles pour estimer les excès de cas de syndromes grippaux en temps réel en France métropolitaine.  
    Estimation des excès de cas de syndromes grippaux en France métropolitaine

  • Méthodes utilisant les données de délivrance de médicaments (partenariat IQVIA)

    Depuis 1999, le réseau Sentinelles (IPLESP, UMR S 1136 Inserm Sorbonne Université) et la société IQVIA (ex IMS-Health France) entretiennent un partenariat de recherche non financier. Ce partenariat vise à développer des méthodes permettant l'utilisation des données produites par la société IQVIA pour la santé publique, notamment la surveillance des maladies.
    La société IQVIA transmet à l'IPLESP chaque lundi matin des données hebdomadaires concernant la délivrance de médicaments en médecine de ville en France métropolitaine.

    Ces données de délivrance de médicaments en France ont permis la réalisation de plusieurs projets de recherche dont :

    • la prédiction des incidences des syndromes grippaux ;
    • la détection des épidémies de gastroentérites.

    Pour plus d'information consultez notre document :
    Utilisation de données de délivrance de médicaments pour la prévision des incidences de syndromes grippaux et la détection des épidémies de gastroentérites

    Références :
    Vergu E, Grais RF, Sarter H, Fagot JP, Lambert B, Valleron AJ, Flahault A. Medication sales and syndromic surveillance, France. Emerg Infect Dis. 2006 ; 2006;12(3):416-21.
    Pelat C, Boëlle PY, Turbelin C, Lambert B, Valleron AJ. A method for selecting and monitoring medication sales for surveillance of gastroenteritis. Pharmacoepidemiol Drug Saf. 2010. 19(10):1009-18

  • Prédiction des incidences de syndromes grippaux et gastroentérites par la méthode des analogues

    Une méthode mise au point pour application dans le champ de la météorologie est utilisée par le réseau Sentinelles pour prédire les incidences des syndromes grippaux et des gastroentérites à trois semaines. Cette méthode consiste à prédire les incidences en recherchant dans les données passées des sections de données ressemblant aux données observées actuellement.

    Retrouvez plus d'information dans notre document : Prédiction des incidences par la méthode des analogues

    Référence
    Viboud C, Boëlle PY, Carrat F, Valleron AJ, Flahault A. Prediction of the spread of influenza epidemics by the method of analogues. Am J Epidemiol. 2003. 158(10):996-1006.

  • Correction des incidences non consolidées pour l’indicateur syndromes grippaux

    Le réseau Sentinelles estime chaque semaine l'incidence des syndromes grippaux à partir des données transmises par les médecins participant au réseau. Les médecins peuvent transmettre les données concernant les cas qu'ils observent dans leur patientèle quand ils le souhaitent : quotidiennement, hebdomadairement et ce, n’importe quel jour de la semaine. Seule l'antériorité maximale de 12 jours est imposée.
    Ainsi, toutes les données nécessaires à l'estimation des incidences ne sont pas disponibles en temps réel. Un maximum de trois semaines de consolidation peut être observé.
    Une méthode a été développée afin de corriger l’estimation non-consolidée de l’incidence durant les périodes épidémiques, afin d’obtenir une incidence « corrigée » la plus proche possible de l’incidence consolidée, estimée trois semaines plus tard.

    Pour plus d'information consultez notre document :
    Méthode utilisée par le réseau Sentinelles pour corriger les incidences des syndromes grippaux en cours d'épidémie de grippe